歐洲足協在本屆歐聯淘汰賽階段開始引進VAR，原意是讓每一個重要事件都有公正裁決，孰料多場比賽仍然出現由VAR引發的爭議，不少對最後勝負亦具決定性影響。
引起最大爭論的莫過於16強次回合巴黎聖日耳門主場對曼聯，主隊守將派斯奴甘佩比在補時跳起轉身阻擋達洛治射門時，手臂擋走了皮球，球證透過VAR判罰12碼，結果曼聯憑着拉舒福特射入成3：1，總成績打成3：3平手，曼聯憑着作客入球優惠而晉級。因傷缺陣的主隊球星尼馬賽後大鬧VAR是笑話，蓄意犯手球的定義亦引起廣泛討論。
此外，採用VAR時間過長、什麼時候應採用VAR等亦引來爭議，例如昨晨利物浦作客波圖，沙迪奧文尼先開紀錄的一球就需要較長時間核實，在16強次回合波圖主場對羅馬時，球證以VAR判波圖獲致勝的12碼，但之後羅馬球員在禁區內疑似被侵犯，球證卻未有採用VAR，羅馬賽後狠批「被強搶了勝利」。
部分本屆歐聯VAR爭議
16強次回合巴黎聖日耳門對曼聯
主隊後衛派斯奴甘佩比補時被判禁區內用手擋走對方射門，結果曼聯由拉舒福特射入12碼而淘汰聖日耳門
16強次回合皇家馬德里對阿積士
阿積士的第三個入球被質疑之前出界在先，最終球證判杜辛泰迪治入球有效，阿積士結果贏4：1
16強次回合波圖對羅馬
波圖在加時完場前3分鐘藉VAR獲12碼致勝，之後羅馬有球員疑似在禁區內被侵犯，球證拒絕檢視VAR
16強次回合曼城對史浩克04
曼城大勝7：0，當中阿古路、利萊辛尼和史達寧的入球都要透過VAR核實有否「越位」，被指需時過長
8強次回合曼城對熱刺
熱刺前鋒洛蘭迪追成3：4的入球犯手球在先，VAR卻未能提供更清楚的角度，最終球證判入球有效